FAPERTAHUT merupakan salah satu fakultas di Universitas Muslim Maros yang  dinaungi oleh Yayasan Perguruan Islam Maros (YAPIM) sebagai penyelenggara. Awal mulanya berasal dari sekolah tinggi yang dibina oleh Yayasan Perguruan Islam Maros, yaitu: Sekolah Tinggi Ilmu Pertanian (STIPER) YAPIM yang berdiri pada tanggal 7 Mei 2003 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia, SK Nomor : 55/D/O/2003 tertanggal 7 Mei 2003. dengan membuka dua program studi yaitu Agribisnis dan Agroteknologi.

Berdasarkan tuntutan kebutuhan pengembangan perguruan tinggi, maka pada tahun 2013 mulai diusahakan untuk melebur Sekolah Tinggi Ilmu Pertanian (STIPER) YAPIM dengan dua Sekolah tinggi lainnya di bawah naungan YAPIM tersebut menjadi Universitas. Setelah berproses beberapa tahun, pada akhir tahun 2017 Kementerian Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi menyetujui perubahan bentuk tersebut dengan Nomor SK 578/KPT/I/2017 Tentang penggabungan Sekolah Tinggi Ilmu Manajemen, Sekolah TInggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan dan Sekolah Tinggi Ilmu Pertanian menjadi Universitas Muslim Maros dan Sekolah Tinggi Ilmu Pertanian (STIPER) YAPIM berubah menjadi Fakultas Pertanian Peternakan dan Kehutanan (FAPERTAHUT) Universitas Muslim Maros dengan 5 program studi yaitu Agribisnis (S1), Agroteknologi (S1), Ilmu Tanah (S1), Peternakan (S1) dan Kehutanan (S1).